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nanopore测序基因组拼接数据分析
2023-12-05 20:00课程 人已围观
一、纳米孔测序技术简介
纳米孔测序技术介绍
纳米孔测序的应用
测序原理
不同测序平台比较
纳米孔测序的错误问题
二、熟悉Linux系统
登录Linux系统
传输文件
Linux基本操作
目录结构
编写脚本
三、利用bioconda管理生物软件
安装bioconda
纳米孔测序分析软件安装
下载练习数据
四、纳米孔数据处理
fast5文件格式
利用guppy进行basecalling
拆分barcode
利用nanopplot进行数据质控
利用filtlong进行数据过滤
测序数据可视化
五、纳米孔基因组拼接
纳米孔测序基因组拼接原理
常用nanopore数据拼接软件
小基因组拼接
动植物基因组拼接
六、拼接结果统计及评估
拼接结果统计
N50
quast组装结果评估
BUSCO评估
不同数据混合拼接
illumina测序数据拼接
方案几种拼接方案的比较
不同条件对拼接结果的影响
七、拼接结果优化
组装结果优化原理
medaka组装结果纠错
pilon组装结果纠错
racon组装结果纠错
八、拼接新冠病毒基因组
拼接新冠病毒参考序列
病毒序列富集
病毒基因组拼接原理
一致性序列得到病毒基因组
ARTICNetwork工作流程
九、新冠病毒基因组分析
聚类分析
变异检测
构建系统发育树
变种病毒识别
十、序列分析
基因预测
基因功能注释
ncRNA分析
重复序列分析
结果统计
在线分析
